妈祖文化传承与发展协同创新中心设立理事会，下设学术委员会、管理委员会、研究平台和创新团队。实行理事会领导和学术委员会指导下的中心主任负责制。

理事会是中心最高权力机构，决定中心发展的原则与方向，是重大发展事项的最高决策机构。理事会成员由12人组成，由中心各主要成员单位和协同单位分别委派代表担任。设理事长1人，副理事长6人。理事会每年召开一次全体会议，主要负责：修订协同创新中心章程；审议并决定协同创新中心的中长期发展规划；决定协同创新中心的机构设置；决定中心主任、执行主任、学术委员会主任及委员的聘任事项；审议并决定中心主任的年度工作报告和年度工作计划；审议并决定协同创新中心各种管理规章制度；决定吸收新的协同单位加入协同创新中心；决定其他须由理事会决定的协同创新中心重大事项。

学术委员会负责中心重大学术研究计划的制定，是协同创新中心的学术决策、咨询、评价与监督机构。学术委员会由11名委员组成，由协同单位推荐，理事会决定并聘任，每届任期4年，届满可连任。学术委员会每年10月份召开一次会议，其职责是：拟订本协同创新中心研究方向与研究规划，并提交理事会决定；审议并决定本协同创新中心各研究平台的研究方向与研究规划；对本协同创新中心科学研究、人才培养和学科建设等重大制度制订与执行情况提出建议、咨询及评估报告；提出本协同创新中心研究人员聘任的基本标准和原则，决定平台首席专家和骨干人员的聘任；审议并决定本协同创新中心的重大科研项目；其他须由学术委员会审议的事项。

管理委员会全面负责协同创新中心日常工作的开展和运行，对上向理事会的行政和学术委员会的学术负责，对外代表协同创新中心。管理委员会下设办公室和5个研究平台，中心办公室是行政事务和日常服务的管理机构。五大研究平台是协同创新中心具体研究工作的组织实施机构。首席专家负责组织跨学科、跨部门、跨地区、跨领域的创新研究团队组建及科学研究工作。

管理委员会设主任一名（简称中心主任），执行主任1名，副主任2名。中心主任负责协同单位之间的业务协调和中心日常工作的开展运行。在核心协同单位牵头人支持下，负责五大平台主任委员和首席专家的聘任，依托研究平台组织首席专家进行学术研究，依托办公室负责中心的日常运行。必要时，可召集首席专家和行政部门负责人举行联席会议，就协同创新中心的重要事宜进行沟通协商。

福建省妈祖文化传承与发展协同创新中心各机构组成人员名单：

1、妈祖文化传承与发展协同创新中心理事会

理 事 长：宋建晓（莆田学院书记、教授）

副理事长：王震中（中国社科院历史研究所副所长、研究员、博士生导师）

姚志平（莆田学院）

陈支平（厦门大学教授、博士生导师）

林国平（福建师范大学教授、博士生导师）

黄海德（华侨大学教授、博士生导师）

理    事：宋建晓（莆田学院书记、教授）

王震中（中国社科院历史研究所副所长、博士生导师）

姚志平（莆田学院）

曾文华（莆田学院教授）

陈支平（厦门大学教授、博士生导师）

林国平（福建师范大学教授、博士生导师）

黄瑞国（福建省妈祖文化研究会副会长、莆田学院妈祖文化研究院院长、教授）

黄海德（华侨大学教授、博士生导师）

黄永锋 (厦门大学教授、博士生导师)

张桓忠（台湾中台科技大学）

吴国春（湄洲妈祖祖庙董事会研究员）

周金炎（中华妈祖文化研究院研究员）

2、妈祖文化传承与发展协同创新中心学术委员会

顾    问：汪毅夫（中华全国台湾同胞联谊会）

卜宪群（中国社科院历史研究所所长、研究员、博士生导师）

王震中（中国社科院历史研究所副所长、研究员、博士生导师）

刘中玉（中国社科院历史研究所副教授）

主任委员：林国平（福建师范大学教授、博士生导师）

委    员：孙  晓（中国社科院历史研究所文化史研究室主任、研究员、博士生导师）

陈支平（厦门大学教授、博士生导师）

叶  涛（中国社科院世界宗教研究所）

黄海德（华侨大学教授、博士生导师）

张桓忠（台湾中台科技大学）

蔡泰山（台湾桃园创新科技学院副校长）

黄瑞国（福建省妈祖文化研究会副会长、莆田学院妈祖文化研究院院长、教授）

刘福铸（莆田学院学报主编、教授）

孟建煌（莆田学院文化与传播学院院长、教授）

林明太（莆田学院祖文化研究院副院长、教授）

秘 书 长：林明太（兼）

3、妈祖文化传承与发展协同创新中心管理委员会

中心主任：宋建晓（莆田学院书记、教授）

执行主任：姚志平（莆田学院妈祖文化研究院院长）

副 主 任：帅志强（莆田学院妈祖文化研究副院长、副教授）

          林明太（莆田学院妈祖文化研究副院长、教授）

办公室主任：帅志强

办公室副主任：刘青健（莆田学院妈祖文化研究院办公室主任、教授）