运行机制
协同创新中心实行责权利相一致的管理模式。理事会决定中心主任、学术委员会主任及委员的聘任事项；学术委员会对拟聘中心主任、平台首席专家和研究人员进行学术评估，并报理事会；中心主任领导平台首席专家（主任委员）和创新研究团队开展科研活动，全权使用中心主任科学研究基金及理事会赋予的各项职权；首席专家作为平台创新团队的负责人，负责创新团队的设置、遴选研究人员，统筹创新团队人员、经费等资源、协调研究分工。
妈祖文化传承与发展协同创新中心的主要任务及分工
一、牵头单位：莆田学院
1、负责妈祖文化传承与发展协同创新中心和“妈祖学”交叉学科的重点建设，联合六家核心协同单位和四家参与单位合作开展“妈祖学”交叉学科人才的联合培养工作。
2、负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的队伍建设，除了招聘本校人才外，进一步从协同单位及海内外其他单位招聘杰出的妈祖文化研究人才。
3、负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的科学创新研究工作，联合协同单位及其他研究人员承担协同创新中心60%的协同创新任务。
4、负责妈祖文化传承与发展协同创新中心社会服务工作，承担各级有关部门交付的研究任务。
5、负责妈祖文化传承与发展协同创新中心对外学术交流交往工作，承办“海峡两岸妈祖文化学术研讨会”和“妈祖文化国际学术研讨会”。
6、负责妈祖文化传承与发展实用人才培养。联合协同单位共同承担台联等部门业务人员的妈祖文化知识培训工作。
7、负责妈祖文化传承与发展协同创新中心条件保障建设，提供足够的办公用房和办公条件，出台相应的体制机制改革措施，确保中心的协同创新活动高效运行。
8、负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的组织机构建设，任命中心行政部门人员，组织中心管理委员会的正常运作。
二、核心协同单位
（一）中国社会科学院历史研究所
1、利用中国社科院历史研究所文化史研究室历史文献整理与研究的优势，与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的“妈祖‘世界遗产’传承与传播”创新研究工作，参与“妈祖学学科理论体系”的协同创新任务。
2、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的社会服务工作，承担各级有关部门交付的“妈祖‘世界遗产’传承与传播理论与实践创新”等领域的研究任务。
3、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心对外学术交流交往工作。
4、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心人才培养，联合其他协同单位及相关人员培养妈祖文化研究高层次人才。
5、出台适应妈祖文化传承与发展协同创新中心运转的体制机制改革措施，确保中心的协同创新活动高效运行。
（二）厦门大学
1、利用厦门大学国学研究院传统文化软实力研究的优势，与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的“妈祖文化软实力理论与实践创新”研究工作，参与“妈祖‘世界遗产’传承与传播”和“妈祖学学科理论体系”的协同创新任务。
2、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的社会服务工作，承担各级有关部门交付的“妈祖文化软实力”等领域的理论与实践创新研究任务。
3、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心对外学术交流交往工作。
4、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心人才培养，联合其他协同单位及相关人员培养妈祖文化研究高层次人才。
5、出台适应妈祖文化传承与发展协同创新中心运转的体制机制改革措施，确保中心的协同创新活动高效运行。
（三）福建师范大学
1、利用福建师范大学“闽台区域文化中心”闽台历史文化研究的优势，与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的“妈祖信仰与两岸关系”理论与实践创新研究工作，参与“妈祖文化软实力”和“妈祖学学科理论体系”的协同创新任务。
2、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的社会服务工作，承担各级有关部门交付的“妈祖信仰与两岸关系”等领域的理论与实践创新研究任务。
3、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心对外学术交流交往工作。
4、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心人才培养，联合其他协同单位及相关人员培养妈祖文化研究高层次人才。
5、出台适应妈祖文化传承与发展协同创新中心运转的体制机制改革措施，确保中心的协同创新活动高效运行。
（四）华侨大学
1、利用华侨大学“宗教文化研究所”与“海外华人宗教与闽台宗教研究基地”的学术优势，与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的“妈祖文化软实力”理论与实践创新研究工作，参与“妈祖文化产业”和“妈祖学学科理论体系”的协同创新任务。
2、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的社会服务工作，承担各级有关部门交付的“妈祖文化软实力”等领域的理论与实践创新研究任务。
3、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心对外学术交流交往工作。
4、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心人才培养，联合其他协同单位及相关人员培养妈祖文化研究高层次人才。
5、出台适应妈祖文化传承与发展协同创新中心运转的体制机制改革措施，确保中心的协同创新活动高效运行。
（五）世界妈祖文化研究暨文献中心（台湾）
1、利用台湾世界妈祖文化研究暨文献中心在台湾妈祖宫庙、妈祖信众及妈祖信俗研究和资料搜集的优势，与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心的“妈祖信仰与两岸关系”理论与实践创新研究工作，参与“妈祖‘世界遗产’传承与传播”和“妈祖文化产业”的协同创新任务。
2、与牵头单位一起负责“妈祖文化传承与发展协同创新中心”的社会服务工作，承担各级有关部门交付的“妈祖信仰与两岸关系”、“妈祖“世界遗产”传承与传播”等领域的理论与实践创新研究任务。
3、与牵头单位一起负责妈祖文化传承与发展协同创新中心对外学术交流交往工作。
4、与牵头单位一起负责“妈祖文化传承与发展协同创新中心”人才培养，联合其他协同单位及相关人员培养妈祖文化研究高层次人才。
5、出台适应妈祖文化传承与发展协同创新中心运转的体制机制改革措施，确保中心的协同创新活动高效运行。
三、主要参与单位
中华妈祖文化研究院、福建省妈祖文化研究会、台湾中台科技大学、湄洲妈祖祖庙董事会。主要任务：
1、发挥中华妈祖文化研究院在妈祖文化产业、妈祖信俗研究和拥有全球376家妈祖团体会员的优势；台湾中台科技大学在台湾妈祖文化产业、台湾妈祖信俗研究的优势；福建省妈祖文化研究会在妈祖文化理论化、学科化、时代化研究的优势；湄洲妈祖祖庙董事会在妈祖信俗世界遗产传承与发展研究和至高无上的全球妈祖宫庙祖庙地位的优势，与核心协同单位一起参与妈祖文化传承与发展协同创新中心的“妈祖文化软实力”、“妈祖信仰与两岸关系研究”、 “妈祖“世界遗产”传承与传播”、“妈祖文化产业”、 “妈祖学学科理论体系”的理论与实践创新研究工作。
2、与牵头单位、核心协同单位一起参与妈祖文化传承与发展协同创新中心对外学术交流交往工作。
3、与牵头单位、核心协同单位一起参与妈祖文化传承与发展协同创新中心人才培养，联合其他单位及相关人员培养妈祖文化研究高层次人才。
4、出台适应妈祖文化传承与发展协同创新中心运转的体制机制改革措施，确保中心的协同创新活动高效运行。
中国历史研究院古代史研究所、厦门大学、福建师范大学、华侨大学、台湾世界妈祖文化研究暨文献中心、中华全国台湾同胞联谊会、中华妈祖文化研究院、福建省妈祖文化研究会、台湾中台科技大学、湄洲妈祖祖庙董事会、东南亚华人文献研究中心、马来西亚吉隆坡雪隆海南会馆天后宫是主要协同单位，2014年3月成立“妈祖文化传承与发展协同创新中心”，2015年9月经福建省教育厅认定成为第二批“福建省2011协同创新中心”。