《莆田学院学报》是一份以反映高校科研和教学研究成果为主的综合性学术理论双月刊。办刊宗旨是：坚持社会主义办刊方向，坚持实事求是、理论与实际相结合；贯彻“百花齐放，百家争鸣”和“古为今用，洋为中用”的方针；面向科技、教育工作者；并直接为莆田市地方经济和社会改革发展等提供学术支持。

主要开设栏目有：“马克思主义理论与实践”“妈祖文化”“木兰溪生态文化与综合治理”“哲学·政治·法律”“经济·管理·史地”“语言·文学·艺术”“自然科学综述”“数理化研究”“医药与生物技术”“计算科学与技术”“工业与工程技术”等。

其中，特色栏目有：“妈祖文化”“数理化研究”“医药与生物技术”等。