莆田学院附属医院胃肠外科是莆田市级重点专科，是福建医科大学、福建中医药大学硕士学位授予点之一。研究所以胃肠肿瘤为研究方向，主要从事以胃癌、结直肠癌外科治疗为主的综合治疗，能熟练开展规范胃癌D2根治性切除手术、结直肠癌根治性切除术（开腹、腹腔镜辅助、全腹腔镜、荧光腹腔镜、4K腹腔镜、3D腹腔镜）等，近年来也不断开展新技术新项目，如全腹腔镜下全胃切除术（SPLT），低位、超低位直肠癌保肛术、减重手术等。研究团队在林伟博士、陈金坤主任的领导下，2016年荣获“中国中青年医师胃癌手术视频大赛腔镜组第二名”；2017年荣获“协和杯”胃癌手术视频大赛二等奖；2018年获得“中国中青年医师胃癌手术视频大赛腹腔镜组第二名”；2019年在“第四届全国普通外科中青年医师手术展演暨“中华金手指奖评比”总决赛”获得胃肠组“二等奖”、“2019年全国结直肠肿瘤中青年医师手术视频大赛”获得“优胜奖”；2020年团队的“腹腔镜辅助下扩大根治性右半结肠切除术”手术视频入选Superman外科优秀手术视频展播；2021年获得“协和杯”胃癌手术视频大赛一等奖。并且在胃肠肿瘤手术中积极进行ERAS管理，2021年被授予“福建省加速康复外科示范病房”。

莆田学院胃肠外科研究所具有强大的研究梯队，现有教授2人，副教授5人，硕士生导师3人，讲师4人，博士3人，在读博士1人，硕士8人。研究所与国内多个胃肠疾病中心、研究所建立了长期友好的双边交流合作关系，科研水平达到福建省先进水平。现任所长林伟教授为莆田学院附属医院胃肠外一科科主任、莆田学院附属医院院长助理，同时担任的主要学术兼职有中华医学会福建分会外科学分会委员、莆田市医学会普外科分会副主任委员、中国医师协会福建省外科学分会委员、《中国癌症防治杂志》编委等。

在林伟所长的带领下，胃肠外科研究所进一步细分的亚专科有：邱仙土副教授带组的胃肿瘤专科组：深入研究胃癌、胃间质瘤的诊治，应用于临床及科研；郑龙志副教授带组的结直肠病专科组：深入研究结肠癌、直肠癌、肠道间质瘤、便秘等结直肠相关疾病的诊治，应用于临床和科研；陈建新副教授带组的减重代谢外科、腹腔镜疝及基本外科组：深入研究减重代谢手术、腹腔镜疝手术，胃食管反流的外科手术治疗，并负责日常一些基本外科手术，如阑尾炎、下肢静脉曲张、消化道穿孔、嵌顿疝、腹部外伤等基本外科病种的诊治。同时，近年来科室也不断开设特色门诊，包括“减重与代谢外科专科门诊”、“腹腔镜疝外科专科门诊”、“便秘专病门诊”，增加了学科的多样性。

在科研学术方面，研究所先后承当了福建省自然基金、福建省中青年项目、福建省教育厅项目、福建省中青年教师科研项目、莆田市科技局项目、莆田学院科研项目共计30余项，科研经费共计100余万元，发表SCI文章20余篇，中文核心期刊文章及国家级、省级期刊论文数十篇。基于胃肠外科研究所强大的临床与科研基础，研究所近10年来共计培养硕士研究生近20名，为社会输送了许多临床和科研全面发展的复合型人才。