莆田学院高教研究所于2005年获批，以高等教育理论研究为基础，服务学校各项事业发展。团队共有13位成员，负责人为朱旗教授。依托单位为基础教育学院。

主要研究内容：

1.高等教育理论研究。紧跟学术前沿，围绕高等教育热点问题开展高等教育理论研究，从本校实际出发，探索高校特色化发展规律，探寻业高校内涵发展的路径，为学校战略发展提供理论依据。

2.决策调研及政策研究。开展学校各类运行和发展中的各类专题研究，对有关学校改革和发展的重大问题做出调查；对具体决策的目标和价值进行论证。在重要政策出台之前，根据校内外需求的变化，结合学校现有支撑、保障条件，对该政策形成和实施中可能遇到的问题做出分析；政策实施后，进行跟踪调研，发现和分析问题，及时形成反馈意见。

3.高等教育信息服务。主要从国内外高等教育的理论研究和实践活动范围内收集、归纳、比较和分析与本校运行实况和环境变化等相关的各方面的信息，建立、更新并有效管理数据库，以备决策部门之需；同时，针对学校需要解决某一问题，通过专门手段和技术获取并向有关方面提供充足的信息。

4.调研总结学校教育教学改革与发展的特色，将学校改革创新的经验提升为理论成果。

5.组织校内高教学术研讨，搭建校内高教研究交流平台。